b) Comment?

Nous allons tout d'abord spécifier un répertoire de travail où SPM2 pourra stocker les informations concernant le modèle et les traitements qui suivront :

1) Cliquer sur "CD" dans le menu déroulant "Utils" en bas au milieu :

2) Donner les répertoires où vous voulez stocker les informations
Attention, il sera peut-être nécessaire de cliquer sur "all" une fois dans le répertoire même si celui-ci est vide avant de cliquer sur "Done"

Maintenant on peut spécifier à SPM2 l'allure du modèle que l'on veut étudier :

1) Cliquer sur "fmri" en haut au milieu puis cliquer sur "design" en bas

2) Dans "Interval scans" mettre le TR de l'acquisition, c'est à dire le temps pour acquérir un volume.

3) Dans "scans per session" mettre le nombre de volume (donc le nombre d'images analyze) à étudier.
Il est possible d'étudier plusieurs sessions à la fois, dans ce cas mettre les différents nombre d'images à étudier pour chaque session avec un espace entre chaque nombre (Par exemple : 128 254 145)

4) Dans "Specify Design" Cliquer sur "scans" ou "secs" suivant que l'on mettra par la suite les caractériques du ou des paradigmes en nombre d'images ou en secondes (Par exemple le premier paradigme arrive au bout de 3 volumes ou au bout de 10 secondes)

5) Dans le menu déroulant suivant, SPM2 nous demande de spécifier la fonction qui sera chargée d'étudier la réponse hémodynamique. Ce choix est laissé à la discrétion de l'utilisateur suivant ce qu'il veut étudier.
Par défaut on pourra choisir "HRF" (Hemodynamic Response Function) qui est la fonction de base d'étude de la réponse hémodynamique.
Une étude plus approfondie de ces différentes fonctions sera fournie en annexe dans une version plus avancée de ce manuel

6) Répondre "No" à "model interaction (volterra)" car on supposera en général qu'il n'y a pas d'interaction entre les paradigmes.

7) Dans "number of conditions/trials" spécifier le nombre de paradigme différents effectués au cours de la session.

8) Donner ensuite le nom du paradigme

9) Dans "vectors of onset", on va spécifier le temps (ou le nombre de volume suivant ce qui a été spécifié au 4) ) de début de chaque phase active du paradigme que l'on vient de nommer.
Par exemple si la phase active du paradigme commence à la 10ème seconde puis à la 30ème, à la 50ème et enfin à la 70ème on écrira : 10 30 50 70.

10) Donner ensuite la durée de chaque phase active du paradigme nommé précédemment.

11) Répondre "None" à "parametric modulation".

12) Si il y a plusieurs paradigmes dans l'acquisition, refaire les étapes 8, 9 et 10 pour chaque.

13) Mettre la valeur 0 à "user specified".

14) Dans la fenêtre graphique, apparait un résumé graphique des valeurs que l'on vient de rentrer et une fichier .mat a été créé dans notre répertoire de travail. Les informations dans ce fichier sont stockées sous forme de matrice.